莿桐古稱莿桐巷，清朝以前刺桐叢生，人煙絕跡，先民到此墾荒，擇一小巷建屋成村，刺桐樹遍佈全巷，故取名為莿桐巷。 日據時代開闢縱貫公路，地方漸漸繁榮；民國三十九年行政區域重新調整，改隸雲林縣莿桐鄉。

本會創始於民國7年9月20日，名為『有限責任樹仔腳信用組合』，歷經幾次改組與變更，迨至民國38年10月27日正名為『莿桐鄉農會』，之後為因應鄉民需求與便利，於民國72年、76年先後增設饒平辦事處、六合分部。

本會因業務性質不同而設有會務股、信用部、推廣股、會計股、供銷部、保險部等部門，增設資訊室，整合區域網路且增闢電腦教室，以期提升員工素質與增進業務效率，因應資訊時代的來臨。